Pagal 1803 m. universiteto statutą studentams buvo leidžiama steigti draugijas ir būrelius mokslo ir švietimo tikslais. Kūrėsi studentų savišvietos būreliai, kurie 1806 m. susijungė į Mokslų ir menų draugiją. Ilgainiui mokslinės draugijos įgijo politinį pobūdį. Socialinių prieštaravimų paaštrėjimas, lenkų nacionalinio išsivadavimo judėjimo pakilimas, dekabristų judėjimas Rusijoje – visa tai negalėjo nepadaryti įtakos ir Vilniaus universiteto studentijai bei profesūrai..

Slapta Filomatų draugija (įkurta 1817 m. ), kaip rodo įstatai, siekė skiepyti moralės principus, tėvynės meilę, meilę mokslui, teikti savitarpio pagalbą, kelti tautos švietimą ir tuo būdu prisidėti prie krašto gerovės kėlimo, nepriklausomybės. Tai pasiekti buvo norima krašto ekonomikos stiprinimu, kova dėl baudžiavos panaikinimo arba bent sušvelninimo, krašto kultūros kėlimu.

Aktyviausi Filomatų draugijos nariai Tomas Zanas, Adomas Mickevičius, Antanas Odynecas, Jonas Čečotas ir kiti 1820 m. įkūrė taip pat slaptą Filaretų draugiją. Savo planuose filomatų – filaretų draugijos buvo numačiusios įsteigti didžiulę organizaciją, apimančią visą Lietuvą ir Baltarusiją. Draugijos palaikė ryšius su lenkų Patriotine draugija, kurios skyriai buvo Vilniuje ir kurių vienam priklausė T. Zanas.

Garsioji filomatų-filaretų byla. 1823 m. gegužės mėn. Prasidėjo suėmimai ir represijos. Buvo suimtas net universiteto rektorius Juozas Tvardovskis. Tų pačių metų liepos mėnesį su neribotais įgaliojimais į Vilnių atvyko N. Novosilcevas. Prasidėjo garsioji filomatų-filaretų byla, daugiau kaip šimtas draugijos narių buvo suimti, 20 veikliausių – ištremti. Iš pradžių buvo atleista grupė populiariausių profesorių: J. Lelevelis, I. Danilavičius, K. Kontrimas ir kt.

Vaclovas Pelikanas. Rektoriumi vietoj nuosaikiojo J. Tvardovskio buvo paskirtas Vaclovas Pelikanas. Jis tvirta ranka pradėjo įgyvendinti universitete caro valdžios ir gubernatoriaus įsakymus. Tačiau pastangos izoliuoti universitetą nuo gyvenimo nedavė laukiamų vaisių.

Sukilimas. Prasidėjus 1830–1831 m. sukilimui akademinis jaunimas ir dalis profesūros įsitraukė į jo sūkurį.